虽然现代科学已经渗透到人类的各个领域，但是现代科学本身是有很大局限性的。例如，现代物理学的两大支柱──量子论和相对论，它们之间都是不一致的，在解释上出现冲突（量子论的机率解释和相对论的决定论之间的冲突）。这说明现代物理学本身是不完备的，是不完善的。量子力学只能解释通过宏观世界的仪器测量到的数据，所以从本质上讲是一种只知其然而不知其所以然的数据拟和的数学游戏。而对于微观世界本身到底是怎么回事，如为什么一个电子可以同时穿越两个缝隙，为什么数学上复数域的概率波可以叠加，则完全茫然无知。至于说师父讲的微观粒子构成宏观粒子，人们也往往按照原子组成分子示意图，以及原子核和电子轨道示意图那样僵化而机械地理解，其实这些示意图从现代科学上讲也是非常误导的，而且现代物理学根本就没有意识到师父讲的“横向”和“纵向”的两种不同的组合方式，仍然把空间和粒子割裂开地研究。即使对表面空间的粒子也是割裂开地进行研究，如同盲人摸象一样。
至于相对论，其实爱因斯坦开始把它叫做相对原则，也就是说在不同参照系下的观测者所看到的物理现象的数学规律应该是不变的。这个不变性原则非常优美，但为何如此，则无人知晓。当人们对这个原则也是只知其然而不知其所以然的情况下，那么对于相对论中导出的引力的概念则更是只知其表现而不知其原因了。而且有不同的方程可以满足这个原则。爱因斯坦当初就在其方程中引入一个宇宙常数，使得此方程刻划一个稳定的宇宙。可是当哈勃发现宇宙在膨胀时，爱因斯坦就扔掉了这个宇宙常数，并称其为自己最大的错误。可是最近人们又相信宇宙常数也许是存在的。可这个宇宙常数到底是怎么回事则无人能解。现在的宇宙学也不过是数据拟和的只知其然而不知其所以然的盲无头绪的数学游戏。
现代医学和生物学，也只是研究生命中的现象而已。严格地说，现代科学对生命的本质几乎一无所知。就拿治病来说，世界各国每年投入了巨大资金来进行医学研究，但是目前对癌症等疑难疾病仍然无法根治。对于目前已经被发现的离体体验、濒死体验等现象更是茫然不知所措，只是一味地把这些现象解释为大脑神经作用。对于前世回溯治愈疾病的大量案例也如鸵鸟一般地视而不见。大家知道，大法在祛病健身方面的奇效是现代医学无法相比的，实修者都深有体会，所以根本不能用现代医学来衡量大法。
至于进化论，更是一种假说或信仰而已，根本无法进行大尺度的实验验证。而用小尺度的一些物种变异现象来证明进化论，就如同一个人爬上一棵树就声称自己已经可以登上月球一样。所以进化论是根本无法证伪的，这其实都违背了现代科学自己为自己设立的原则。在科学的其它方面也是一样，大法展现的博大精深内涵是现代科学永远都认识不了的，所以根本不能用现代科学来衡量大法。
举一个具体例子。师父在《在美国讲法》和《在悉尼讲法》中讲到原子和分子的排列问题，《在美国讲法》中讲：“从原子到分子之间的距离是由二十万个原子排列起来才能达到分子这样一个距离。”《在悉尼讲法》中讲到：“大约是两百万个原子”。有人不理解，问二十万和两百万到底哪个对？师父在《在长春讲法》中说：“哪个都对，两千万也没错。”
如果有人用现代科学的认识和框框来看待大法，那么可能在这里就遇到了障碍。我们知道，修炼的本质都是在另外空间中发生，大法内涵无限，涵盖所有各个空间，只有在实修过程中，才能体悟或看见自己层次上能够看到的一些空间中的景象。我个人理解，另外空间中的物质和生命存在形式和人类生存的空间差别很大，不是固定的，也可大可小，完全不是我们肉眼看到的物体形态那样看起来是固定不变的，而且还涉及许许多多的另外空间，每一个空间中的“分子”和“原子”之间的情况也都不一样，因此很难用人类空间中那样固定的形式来描述。人间的一些概念其实都是错的，那么通过这些概念问的问题也是错的。问题都错了，如何能得到正确的答案？比如原子这个概念，原子到底是什么一种存在？在人类的空间认识中人们谈论的原子不过是原子的外壳，或原子在人类空间的投射，而并非原子在更微观的空间中的真实存在。人类对粒子的认识只有横向的组合概念，而没有纵向的认识，更没有意识到我们是存在于一个表面的空间。对于这些问题，只有深入地理解师父的讲法，我们才能有真正的认识。我个人觉得，我们不能僵化地从人的角度理解师父的讲法。这就如同我们如果给一个小孩子讲一个高深的道理，我们不得不借用小孩理解能力之内的一些概念。但小孩的概念远远无法真正地表现一些高深的道理。
需要指出的是，另外空间不是迷信或想象，而是真实存在的。现代物理学对另外空间也有一点点认识，例如目前现代科学对“暗能量”的理论解释，都涉及到另外空间（如多宇宙模型等），只是对另外空间的认识甚少。
师父在《随意所用》中讲：“宇宙的法怎么能被人类的文化所规范呢？只要能讲清法理，我就打开人的文化，破开那些规范与束缚，随意所用，为表达清楚大法，想怎么用就怎么用。”“我只重法的内涵。”
当然，现代人类的文化包括方方面面，现代科学是现代人类文化的一部分。根据释迦牟尼所说，在现在的末法时期，和尚自身都很难度，所以佛（宗）教也已经蜕变成人类文化的一部分了。大法学员中知识分子很多，在人类社会中有各种各样的专业知识，有时也就自觉或不自觉地用常人中的文化知识来衡量大法，把大法看成常人中的理论一样，在字面上抠来抠去，给学法和修炼带来障碍。
作为大法学员，我们要“以法为师”，而不能用人类文化中的任何一部分（科学、宗教、历史，等等等等）来衡量大法、来找大法是否符合人类的知识和文化。师父早在《学法》经文中就讲了这一点：“要想学好大法，只有不抱有任何目的去学才对。”
在人类的历史中，常人社会中积累的各种观念都可能成为阻挡我们同化大法的障碍。《论语》讲了三种观念：“常人的观念”、“传统的观念”和“僵化了的观念”，这些观念都是我们要改变和去掉的。如果有学员带着强烈的常人观念来看待或衡量大法，在鸡蛋中挑骨头，那么就偏离学法和修炼的基点，可能就对师父和大法产生怀疑，就容易被另外空间中破坏大法的邪恶生命所控制，严重的可能离开大法，甚至走到了大法的对立面。
《转法轮》中明确说：“真善忍这种特性是衡量宇宙中好与坏的标准”。作为大法弟子，我们就是要去掉执著、去掉常人的观念和认识，而不被常人的观念和道理所带动或迷惑。例如，在国内的不少洗脑班里，邪恶之徒经常逼大法弟子看雷锋的录像。雷锋做好人基点是在常人，只是一个常人中的好人，而且是非常有局限性的（如讲阶级性等）。而大法弟子是同化“真善忍”，做一个比常人中的好人还要好的人，我们的基点是完全不同的。通过明慧网中的一些报导来看，也有一些学员，在酷刑折磨中能够走出来，但是在劳教所、洗脑班等的伪善中迷失了方向，伪善的根本目的是要学员离开大法，背离“真善忍”。
摆正学法和修炼的基点关系到对师父和大法的坚信问题，这自然就是根本问题，我们应该予以重视。
个人认识，如有不妥之处，敬请同修指正。