2000年3月21日31岁的李志刚办理完了调动及行李托运手续，定于4月2日启程赴广州军区报道。4月1日他参加了长沙市大法弟子们组织的心得交流会，会议进行了一小时被恶警劫持。李志刚被国防科大的干部领回学院后被封闭式关押了41天，开除了党籍，判劳教18个月，送往广州部队劳教大队强制劳动。监工和牢头们经常侮辱殴打他，长时间烈日曝晒，大雨淋，他坚决不向邪恶妥协，于2001年7月释放。
回到国防科大，他要求复员，学校答复：至少要一年后才能走。不到半年，学院领导告诉他：复员报告已批，明天就可以不上班。从此，李就坐在家里等着满一年时办理复员手续。2002年8月21日下午学院紧急电话通知说有急事，李一到学院就被关押了。当晚，地方公安抄了他的家，搜走了电脑打印机等物。地方公安勾结学院对李轮番逼供，昼夜不准睡觉，一闭眼就拳脚相加，为抗议迫害，李志刚绝食，公安几个人揪住他的头发，用装水的瓶子砸头，八宝粥甩了满头脸，李不但没有丝毫的反击，还不停的向他们讲真象，在他绝食数日后，生命危在旦夕，学院官员居然还能毫不在意的说：没有什么了不起的。
2003年元月初，北京军事检察院检察员田虹和国防科大保卫处许振宇等四人闯入李志刚住宅，未出示任何证明，骗李志刚的母亲说田虹是李志刚的科室主任，随后又改口说是学院待客处主任，说李在读博士时的课题与军事机密有关，来要文件，便如鬼子扫荡般把家翻了个底朝天，结果却什么也没抄到，于是逼家人交出“标签纸”“笔记本”，拿走了两袋资料，既没收条也没有清单。
李志刚在国防科大关押了5个月，于2003年元月19日恶人以所谓的“涉嫌破坏法律实施”罪把李志刚逮捕，移送北京总值军事检察院。3个月后，检察院向总值军事法院起诉，检察院通知李可以请律师，但只能请学院的律师，理由是此案涉嫌国家机密。
到了北京，李志刚被羁押在总政军事监狱看守所，后又转至北京军区军事监狱看守所。在这80天，正值酷暑却不准洗澡，洗脸，限定每天坐16个小时。他们一方面消耗李的精力，另一方面对李的家人及律师层层设卡发难，律师到北京拿不到起诉意见书，开庭前两天，才把案卷拿出，看完匆匆开庭。7月7日第一次开庭审理，恶人不给李志刚卸手铐，不准陈述，开口就被制止，限制律师种种权力，当律师指出田虹等人去李志刚家去抄查是违反检查程序之一，田虹当场矢口否认，反说李的家人诬陷，在没有确凿证据而且漏洞百出的情况下，法庭宣布休庭。
8月21日，江××窜到湖南庆祝国防科大成立50周年，就在这段时间，国防科大的一部分工作人员都收到了国外大法弟子打来的电话，它们认为一定与李有关，向江××做了报告，江××立即表示，出资100万元，限期拿下李志刚。北京军区马上对李开始了血腥折磨，昼夜拷问，强迫看污蔑法轮功的材料，不看就是一顿暴打，打得脑子发木，听觉不灵，身体许多部位被踢伤，李志刚身高1.86米被关进特制的铁笼子里，站不起蹲不下，数天后，律师再见到他时，已骨瘦如柴面目全非了。
9月11日第二次开庭，非法宣判有期徒刑五年。
李志刚现在湖南郴州军事监狱，每天白天从事超负荷体力劳动，晚上关进铁笼子，家人去了要求接见被拒绝。理由是：太顽固不转化。最近，一位善心的人通知家人，赶快想办法，否则会被折磨死。家中仅有年迈的母亲和两个已出嫁又有小孩的妹妹。郴州离长沙300多公里的路，往返一趟对老人来说如同走天涯，加之几年来，李志刚一直被关押，家里早就徒留四壁，老母亲悲愤的说：天哪，我儿子学法轮功一心做好人何罪之有，要遭此大劫啊！
请长沙大法弟子发正念帮助李志刚早日走出困境。同时加强讲真象，就此事揭露邪恶。
迫害李志刚的不法人员名单：
北京中国人民解放军总直属队检察院检察员：田虹
湖南长沙国防科大诊治部主任：李今胜
国防科大保卫处：李处长 0731--4572251
易启平处长 0731—4572253 13308491285
干事 13873153142
国防科大计算机学院 刘政委 0731—4573603(办) 4573604（家）
国防科大六院学员大队大队长 刘培江 13907316274 0731—4574630（家）
六院政治部主任 李奔驰 4573617 0731—4573629 13873153639
六院保卫干事 徐干事 13077397279 0731—4573625 4573626
郴州市广州军区政治部军事监狱 肖监狱长 李敬一政委 0735—2812183
张副队长 13170366782
尹干事 13787351333