秦鹏是清华大学经济管理学院1999年MBA入学考试第8名，他在大学期间多次获得“优秀三好学生”、“优秀学生干部”。1999年10月秦鹏因参加修炼心得交流会被当局非法抓捕，2000年6月又因公开炼功被绑架，后被清华大学强迫休学。2001年1月1日凌晨，秦鹏被中关村派出所警察破门而入抓走，同时被抓的还有他的妻子王雯（法轮功学员）和不满一岁尚未断奶的儿子。秦鹏后被非法劳教两年。在北京团河劳教所三大队遭受酷刑折磨。
2003年6月，解教后仅几个月，秦鹏被清华大学不法人员骗回校做论文答辩被抓后，后经历过在北京市公安局、北京市劳教局共一年多的折磨，包括捆绑在床上、铁椅子上毒打、冷冻等。秦鹏于2004年9月被转到河北高阳劳教所，曾被恶警大队长杨泽民、教导员李军及房豹、常金良等用手摇电话、地铐等折磨。