药物迫害
二零零一年三月，徐祚友因不写所谓的放弃修炼的“保证书”而被县“六一零”（中共专门迫害法轮功的非法机构，凌驾于公检法之上）绑架至永顺精神病院，强迫服用损害大脑药物，徐全身无力，行走、大小便极为困难，二十多天后才被放回。二零零一年七月“六一零”恶人彭秀莲、向宏银再一次将徐绑架到永顺精神病院迫害，胁迫院方加大对徐的迫害。因徐拒绝吃药，被四医生摔倒在床上，强行注射氟呱丁醇药物，注射后徐感觉到喉咙象被人掐住一样，呼吸极为困难。徐祚友每日三餐被迫服药，期间还饱受精神病人的凌侮、殴打，历经精神病院一年七个月的迫害，直到二零零三年七月，“六一零”恶徒见还是达不到所要的目的，只好放他回家上班。
抄家与毒打
二零零三年九月，“六一零办”主任彭秀莲及国安大队长石敦建要非法抄徐祚友的家，徐不从，恶徒们拉断他系钥匙的带子，把他双手反拧于背后，撞进他家，搜走真相材料，把他非法关进看守所。遭殴打，一次恶警所长田某、杨洪清、蒋晓峰等蜂拥而上对他拳打脚踢，并用粗绳把他捆绑，摔在地上，恶警蒋晓峰用手腕粗的木棍狠毒的打徐的脸、背、臀等处，用脚踢徐的胸部，打了很久才住手，徐被打得不能动弹。恶警杨洪清还毫无人性地提拉徐身后双手上的绳子，痛的他几乎昏过去。
二零零三年十二月，徐祚友被非法劳教一年半，被拉去非法宣判，那天下着雨，徐抵制这种无理的判决，几个恶警把他摔在冬日雨水的地上，按着他捆，绳子捆断了好几根，强套在徐祚友脖子上的牌子，多次被他扔掉。徐祚友向台下的群众高喊：“法轮功是被冤枉的！”刚喊几句，恶警就死死的捂他的嘴。不久，他又被拖回看守所。
在劳教所被迫害致残
二零零四年二月，徐祚友被劫持到长沙新开铺劳教所。劳教所对徐祚友强行洗脑，逼看污蔑法轮功的书、电视录像，遭各种残酷的体罚：站“丁”字桩、面壁直挺的站着，一动也不准动；等等。稍有不从，就遭毒打。徐祚友不愿配合这种无理的伤害，多次遭毒打，四个夹控犯人随时随地跟着，他还曾多次被关小号，被穿上约束衣，双手被套在长长的袖子里，反扣在背后，头上戴着沉重的铁壳帽，小号里一米见方的水泥板上放的是薄薄的破棉絮，里面漆黑一团，一关就是一周、十天不等。吃饭由夹控喂，夹控受恶警指使，有时将他绳子勒紧，痛得他死去活来；有时候一阵拳打脚踢。后来，徐祚友被转到六大队做奴工，二零零四年夏，徐绝食抗争，被恶医野蛮灌食，门牙被撬破。后来徐被迫害致残，四肢麻木、僵硬，手不能扣扣子，无法行走，只能拄着双拐行走。狱警怕承担后果，便催促单位和家属接人。二零零五年三月，徐被接回家。
再遭摧残致骨折
徐祚友回来后，通过炼功，又恢复了行走，只是不灵便。二零零六年四月，他去农机局彭忠家给妻子找医学试卷，当时有几个学功人在看书，不料，被盯梢的恶警闯入，把她们全部绑架到公安局，非法审讯完，把徐祚友、彭忠、吴明莲等三人关入看守所。
五月八日上午，恶警吴文全强令两个犯人拖徐祚友搞军训，徐抵制迫害，吴文全又叫廖维坤、田军把徐拖过去叫徐跪下，徐不从，廖、田二人挥拳毒打他的脸及胸部，徐顿感呼吸困难、抽搐，直到徐被强按跪地下。徐发现左手不能抬起，要求检查，遭到吴文全拒绝。十天后，所长田光凤、贾小明才心虚地带他到花垣县医院拍片，确诊为：左锁骨粉碎性骨折。次日，田光凤、贾小明两人又悄悄带徐到永顺县河西医院开刀接骨，打钢针固定。之后，恶警吴文全根本未受任何法律制裁，也未给徐一分钱补偿。二零零九年夏，徐祚友才在保靖县医院取出钢针。
二零零七年十月，“六一零办”的何昌军及派出所的杨云等五、六人，强行抄徐祚友的家，把他绑架进看守所非法审讯，非法关押二十八天才放回。
洗脑班的身心摧残
二零一零年十月十五日，“六一零办”头目付家强、何昌军及公安（二人姓名不详）强行绑架徐祚友到怀化市“法制教育基地”洗脑迫害，医院工会主席姚本江、单位保卫科杨某、舒某、王某均参与绑架。洗脑迫害基地地址选在怀化市郊的一个小山的半坡上，有一栋四层楼十几套二室一厅一厨一厕的房屋，上面三层楼基本上关押的是各地法轮功学员，一一被隔开在一间屋里，下面一层主要用于办公，这栋楼四周有高高围墙，墙外是陈旧的老厂房，这栋楼的出口是一个大铁门，由一人专管随时开关，外人根本不得随便出入，所以极其隐蔽。徐祚友被绑架到这里的前十几天，被迫看谎言光碟、文字，洗脑班恶徒见这些都骗不了他，于是酷刑折磨他，把徐的双手用铐子铐住，吊起挂在门框的铁环上，使身子离地，吊了十多个小时，徐祚友的双手被勒伤，很久才痊愈。恶徒们为了达到目的，不择手段，不计后果。他们对外和徐的单位、家属一再表示到那里学习只是沟通、交流，绝不整人，伤害人，可是背地里于着不可告人的勾当。直到十一月二十二日才放回家。
保靖县人民医院对徐祚友的迫害
保靖县人民医院领导层一直配合“六一零”迫害徐祚友。二零零零年，徐祚友不写所谓的“保证书”，单位受县“六一零”指使停发徐八个月工资，逼的徐只好靠打工度日。二零零零年中秋及零一年中国新年，徐被医院副院长龙承华及保卫科长周贤明强行带回医院，不能和亲人团聚。二零零一年夏一个周末，徐在菜地里看书，被龙承华等摔倒在地，恶人龙承华抢走法轮功书，喊来恶警把徐拘留半月。二零零一年，院方降级使用徐祚友，让他去做药品生产，后来又让他打扫卫生，一直到现在。二零零零年，徐祚友顺利通过全国高等自学考试及临床考核，却被“六一零”强制教委不发大专文凭，直到现在。二零零三年全县换“医师资格证”为“执业医师资格证”时，却至今不换他的医师资格证。以至后来院方以他没有执业医师资格证为由，还是给他安排打扫卫生及其他杂务。