一九九九年大法遭到污蔑，余桂芝和许多法轮功学员去北京上访，回来后，她丈夫相信了警察的话，和她一起到政法委、公安局去销号，谁知一去，她就被关押了。到晚上她丈夫要接她回家，政保科的陈亚东、陈新运等人说不行，说是她在家搞集会，所以当地走了几十人到北京上访。她丈夫就找人去说情，后罚款两千元，才放她回家了。
在九九年十二月六日早上，公安局又打电话叫余桂芝去问个事，结果被吴子桥烟店调上来的警察吴某（上海口音）劫持到四里看守所，非法关押五十天，还被迫交750元生活费。
二零零零年十一月七日早上，余桂芝正在家做事，又被公安局陈亚东、陈旭东（女）、实习生杨某、聂兵等人绑架到公安局，非法关押三天三夜，不许睡觉，要她交出当地资料点和与哪些人来往。警察实在问不出什么才放她回家。
二零零一年三月，当地在河西第二看守所办洗脑班，绑架关押了余桂芝等二十多个法轮功学员。当地“610”头目李绵楚，政法委陈光德、丁玲丽、宣传部张斌、律师廖文、财政局吴建国等许多单位都调人去了。在洗脑班里，余桂芝成了李绵楚、张斌的眼中钉。张斌曾煽动一位法轮功学员的丈夫打余桂芝两个耳光，把她的嘴打出血了，脸也肿起来了。而“610”相关人员李绵楚、陈光德、张斌等人看着却哈哈大笑。余桂芝在洗脑班被关押了70多天，“610”头目李绵楚逼她丈夫去“转化”她，她丈夫的单位也不许她丈夫上班，说什么时候“转化”其妻才来上班。她的丈夫说这个做不到，这是信仰问题，这样她的丈夫就一直在家呆到她从洗脑班出来才上班。洗脑班最后还勒索了余桂芝三千多元钱。
二零零一年七月九日晚上，公安局陈新运、李凌等人半夜两点多钟闯到余桂芝家敲门，见她不开门，他们就翻院墙，把门撞开后非法抄家，但什么也没抄到，就把余桂芝绑架到公安局院，又关了两天两夜，其间恶徒打骂不休。并在第三天晚上把劫持到四里看守所，非法关押16天。这次她丈夫为救她，请客吃饭花了一千多元。
二零零一年九月二十六日上午，公安局沈超、陈旭东、陈洪等人又闯到余桂芝家非法抄家，也是什么都没抄着，同样又把她绑架到当地国税局关押了三天三夜。晚上用手铐铐着不许睡觉，开空调冻她。她多次质问警察动不动就关押是什么意思。沈超大骂：“老子这一次叫你站着进去躺着出来。”到了第三天晚上，要把她送往外地，她当时一头撞到一个空调架子上，流了很多血，当时被送医院抢救。自此余桂芝一直绝食，在看守所里隔一天就被灌食一次，灌的她胃出血，不断吐血。当时在场的人吓坏了，一副所长说这样会出人命的。余桂芝丈夫和她大女儿天天到公安局要求放人。公安局的柯继成嘴上总是往上推，实际上把她三次送劳教，劳教所不收。余桂芝的丈夫非常气愤，找到沈超、柯继成说：“听说她这段时间一直没有吃，她要是在里面有个三长两短，就把她抬到市政府大门口，抬到公安局门口，叫众人评论一下你们是什么人，而且叫她娘家人都来你们公安局住着。”警察到第二十八天只好放人。在放她时，看守所还要她丈夫交灌食费600元、营养费300元。她丈夫当时看到她瘦的不像人样，含着泪交了钱。
在二零零一年十二月十四日，国保警察陈新运、李凌看见余桂芝在市政府旁边她女儿的服装店里帮忙，俩人就跑到她女儿店里问资料点在哪里，谁是负责人，谁在打印资料。她女儿说一概不知，这时正好余桂芝的丈夫下班来到这里，一看又是他们两个，就跟他们吵了起来。李凌还想动手，谁知下班人多，她丈夫就跟他们大吵大闹的，一直闹到市政府门房，这时围观的人很多，问为什么。她丈夫就讲妻子是炼法轮功的，上月被他们关押了二十八天差点饿死，刚回来不久，现在做做生意，他们又想迫害她，现在就跟他们拼了。结果众人都说他们俩没有道理，陈新运、李凌见势不利，赶快灰溜溜地骑着摩托车走了。
二零零五年七月九日晚上七点多钟，公安局警察杨北平带了十几人又到余桂芝家非法抄家。说是她家有《九评共产党》书籍等，余桂芝的丈夫和两个女儿知道此事后就急忙赶回家，质问他们又要干什么，不说出所以然来就跟他们没完。杨北平支吾说他和她丈夫是同学，来看看同学。她大女儿说这叫看同学吗？她丈夫对他们说扯淡，谁跟他是同学，说假话都不打草稿，把他们说得无话回答。杨北平找下台阶说他们也没有办法，是上头要他们来的，他们只是走一下过场。楼上楼下看了一下，没抄到什么就走了。
二零一零年十二月十六日上午，余桂芝又被外地公安局警察绑架。在当地公安局、刑警队、东城派出所的配合下，把她绑架到江苏无锡看守所关押，在那里关押了两个月后，将她非法劳教一年。