以下是仇学燕在《刑事控告书》中叙述遭迫害的事实：
我从一九九八年在天津大学开始修炼法轮功。法轮大法真、善、忍的道德原则改变着人心，普遍使人心向善，道德高尚。我身体上也发生着巨大的改变：我们几个法轮功学员曾经一起为六层高的学生公寓义务擦玻璃、打扫卫生；更踏踏实实地开始做学问，改掉了急躁的脾气。随着修炼大法，我不断发现自己的缺点，并不断的改正， 变得越来越善良、宽容，看淡名利，身心受益，多年的月经失调也不治而愈。我由衷地感谢师父李洪志先生，感谢法轮大法！
一九九九年七月，中共江泽民集团发动迫害法轮功的运动后，我遭到精神上、学业上、到肉体上的迫害。
被剥夺学术前程
二零零一年三月，我在天津大学博士毕业。我在做博士论文期间，本来有机会拿到奖学金，就因为我修炼法轮功而被学校取消。毕业答辩时，是在老师的再三请求下我才被准许答辩。我的答辩非常成功，得了高分，但仅因为我修炼法轮功，就剥夺了博士学位，只发给毕业证。我本有留校的机会，也因为修炼法轮功，被学校剥夺了留校的机会。
二零零一年四月，我带着无奈离开了天津大学，在青岛海洋大学（现中国海洋大学）读博士后。一年后，学校知晓我仍修炼法轮功，当即将我开除学籍。二零零二年四月中旬，海大保卫处贾处长和海大的老师一行四人开车七个小时强行将我退回天津大学。天津大学拒绝再接受我，于是半夜八点多，我被押送回家。当时海洋大学的校长是管华诗。
遭绑架、关押、非法劳教
二零零二年九月一天晚上九点左右，我和一位法轮功学员在上海市闵行区一座公寓房子里被闯入的上海市公安局四、五个警察绑架、抄家。我被带到一间宾馆，我想跑，一名男警察追上，猛力的扇了我一个大耳光。然后我被带到一个宾馆后面的一间没有窗户的小屋，关在一间大铁笼子里。因为我拒绝拍照，就被四、五个警察五花大绑强行拍照。
二零零二年九月二十一日中秋节的晚上，上海市国家安全局警察对我进行四十八小时车轮式审问，连续四十八小小时不准睡觉，我困得睁不开眼时，警察就拍桌子、使劲敲打地面，把我震醒。
二零零二年十二月初，我在天津河西看守所绝食抗议非法超期关押，被强行灌食。多名男警察在看守所田所长的指使下将我按在椅子上，我拼命挣扎，他们强行灌玉米粥，管子从鼻孔插到胃部，非常痛苦。因为我不配合他们灌食，当天晚上又被将手和腿铐在一起，就这样弯腰铐住将近一天一夜，非常的痛苦，不能站，不能睡，也不能坐，只能弯着腰撅着，那种痛苦是一般人难以想象的。后来因为来例假才被准许手和腿分开，并解开手铐，但一直戴着脚镣。就这样脚镣一直连续戴了七天左右。
后来我遭非法劳教，被劫持到天津板桥女子劳教所。
遭“攻坚”迫害
二零零三年三月至二零零三年九月，我被劳教所隔离，进行所谓攻坚迫害——就是强制放弃信仰，每天早晨常常四点三十分就被叫醒，晚上常常后半夜一至二点才睡觉。有一次我早晨五点才躺下，五点三十分就被叫起。
二零零三年三月的一个上午，我拒绝看洗脑录像，被狱警和几个犯人关在小房间里殴打。几个犯人用我的防寒服包住我的头，对我拳打脚踢，我在地上被打得滚来滚去，防寒服也被踢破。连续殴打我近一小时。
也是二零零三年三月的一天上午，因我拒绝看洗脑录像，狱警队长韩金玲抓住我的头发左右开弓扇脸，打得我眼冒金星，头脑发晕。
二零零三年三月一天晚上，狱警郭玲、窦姓队长指使刘淑君等三、四个吸毒犯人，把我强制用绳子绑在椅子上，面对电视强行洗脑。只要我一闭眼睛，他们就马上扒开我的眼睛，强制看洗脑电视。
遭酷刑迫害
二零零三年四月一天，为揭露劳教所对我的迫害，我悄悄写了一封信，想从被关押房间的窗户扔出去，不料被监视我的吸毒犯人王娜抢走，交给了狱警郭玲。
为此我被多名狱警强行铐在两层的木板床的下面的床上，其中有孟姓狱警。手被吊铐在床上，脚被狱警韩金玲用绳子分开捆在床的另一头。整整五天五夜没有松开过，大小便都在床上（由犯人端个塑料盆来接）。当时天气很冷，我只穿一件毛衣，身下只有木板（被褥被狱警撤掉来折磨我，又冷又硬）。一位好心的犯人因为将我的防寒服垫在我的腰下面，而被狱警训斥并加期。在寒冷的夜里我被冻得瑟瑟发抖，腰部剧烈疼痛，却不能动一点。因为剧痛，而不能睡觉。有时困的不行，稍一打盹又被疼醒，折磨得我精神几近崩溃。
我因为双手被铐在床上，无法上厕所，一直强制憋到第二天上午。我的小肚子就像吹起的气球，憋得非常痛苦。在我一再的请求下，快到上午十一点，狱警才准许我从床的一角解掉铐子，一只手解开裤子，在十多个女劳教人员及狱警的注视下，整整尿了一满盆。然后又被继续铐在床上，而且双脚又被狱警韩金玲分别拴在床两侧的柱子上。狱警授权吸毒犯王娜包夹我，每天只能用一个盆子在床上拉尿。为了不麻烦别人，我不再喝水，每顿饭只吃四分之一个馒头，一周不大便。
遭奴工迫害
二零零二年十二月二十八日至二零零五年四月，我在天津板桥女子劳教所被强迫超强度的奴工活，一般是从早上起床后就开始干活，从六点三十分开始，一天要干十多个小时，除了每天三次，每次十至十五分钟的吃饭时间，其余时间基本都是在干活。我干的活很多，包括：扛豆子、拣豆子、缝衬衣、糊纸盒、缝鞋、挖树坑、叠纸盒等等。不仅没有工资，受伤后的花费还要自己出。
在二零零三年，我被迫扛每袋一百斤的豆子，从运豆的卡车一直扛到一百五十米远的劳教所大楼，再把拣好的豆子的袋子（每袋一百多斤）扛回到卡车上，就这样一天来回十几趟，我一个人一天就要扛两千多斤。
在二零零四年下半年，我被迫缝鞋，也是很重的体力活，用锥子把鞋帮和鞋底扎到一起，再把线勾过来，然后使劲的拉紧线，然后再扎，再拉，非常费力。就这样一天缝三十多双鞋，我连续缝了十多天，常常晚上缝到十点钟才允许休息，精疲力竭。因为长期的用力，导致痔疮发作，不断地便血（出狱后测量，我的血色素只有4.6克，而正常值为十一至十二克）。
后来劳教所狱警看我病情严重，怕担责任，就通知我父母，让我父母出钱，狱警押着我到天津公安医院看医生。医生建议保外就医，但劳教所不同意。我被继续关押，直到二零零五年四月九日出狱。