2000年4月11日，徐乃文按照宪法赋予公民的信仰自由，进京上访，为法轮功无端遭受迫害说句公道话。但在通往信访办胡同口便被便衣所抓，一便衣竟动手将一年轻同修打得满脸青紫。他们说：“不许法轮功上访。”后徐乃文被非法关押驻京办，又被押回当地被非法关押在第二看守所，5月21日放回。市里向其家人强行非法收取保释金二千元、镇里也向其家人非法强行索取一千元。
2000年6月29日，阿城市公安局政保科崔学和另外一个人在徐乃文上班时候问话，因为拒绝回答他们的问话，徐乃文被强行送往阿城市第一看守所迫害。徐乃文在阿城市平山镇平山派出所门前被强行推上警车时，崔学踹他的下身。送入第一看守所与进到监舍时，徐乃文分别被值班所长王某、二牢头各对准太阳穴和咽喉一顿重拳。二牢头又朝徐乃文软肋踹了一脚，当即徐乃文巨痛难忍，喘不上气。
对徐乃文无理非法关押期间，看守每天强制坐板十几个小时，他们叫“码坐”，故意把人的臀部坐坏。8月21日，徐乃文被放回。公安局强迫其家属交纳保证金五千元，交不起，后交了三千元；哈尔滨锅炉有限公司平山分厂又勒索一千元，更恶劣地的是扣发徐乃文的工资。2001年2月16日，单位保卫科长崔相如把徐乃文骗到镇派出所拘禁起来，向其家人勒索一千六百元钱后，镇副书记张君延和几个警察非法把徐乃文送进洗脑班迫害。在洗脑班上，同修一起发正念，使洗脑班以失败收场。
在洗脑班只呆了五天，他们又把徐乃文投进看守所非法迫害。每天屈腿码坐十几小时，臀部溃烂，疼痛难忍。只让立肩睡觉。
在送达劳动教养通知书时，警察问，申诉吗？当被问到如何申诉时。警察马上又说，对了，法轮功不允许申诉，也不允许律师受理。就这样洗脑班被无理随意定教养一年。
2001年4月25日，徐乃文被送往哈尔滨万家劳教所集训队，依然是立肩睡，强制性工作，擦地、刷厕所、倒痰盂。
2001年5月13日，徐乃文被转到哈市长林子劳教所继续迫害。他们安排了有时多达二十几人做转化工作，轮流昼夜不停的“谈话”，每天只让睡很少的时间，休息的地方正对着窗户，徐乃文被冻得咳嗽半个月。那时，强制大法学员每天编汽车坐垫，由于工作时间长，屋子又冷又潮，致使人的手脚红肿。他们还让徐乃文坐铁椅子，有时甚至手同时背后扣在铁床上，两个包夹监督。
徐乃文被非法关近两次小号。第一次因为要求还师尊清白、还大法清白、停止迫害法轮功的正义要求，关了2个小时；第二次是因为揭露他们关押学员进小号的行为，他们恼羞成怒，把徐乃文扣在小号的门上，手和上臂都磕碰坏了。就这样一直被扣17天，后又转入严管队继续迫害，这次徐乃文被绑在沙发椅上。徐乃文绝食时间长达一个月，腰以下部位肿胀到极限，他们把徐乃文拉到哈尔滨第二医院被诊断为心脏病，怕死在劳教所，把徐乃文送回了家。徐乃文在家学法炼功二十几天，肿痛全消。长林子劳教所又将其挟持进严管队迫害。又开始绝食，他们强制灌食；给徐乃文点滴被拔下针头。2001年9月末，被检查出高血压和心脏病，才把徐乃文送回家。
2003年8月8日，哈尔滨锅炉厂有限责任公司610主任窦焕斌、宣传部长王立安、公安处王书记、留菊兰、崔相如几人到徐乃文家，众目睽睽下进行绑架。在洗脑班，徐乃文和同修一起学法炼功，发正念讲真象，在外面同修强大正念下，绝食12天回到家。
从2001年至今，哈尔滨锅炉有限公司平山分厂一直扣发徐乃文的工资。以前，徐乃文曾向分厂长刘菊兰书记要过工资。2003年9月徐乃文多次向厂王书记要。开始不同意，到2004年5月份，它同意说有个启动过程。8月份，补发工资九千多元，10分钟后，到手的工资被强行收回。2004年腊月二十八，补发工资一万元，全部还了外债。徐乃文四年的工资扣了三年的。徐乃文不停提出要求补发工资、退还所有罚款，现在一直拖着；徐乃文身份证也一直被扣在派出所。