1999年7月21日到北京上访，被温泉公安分局、三号桥派出所等警察劫持到双鹤拘留所非法关押15天，勒索现金300元。同年8月16日，方锦莲再次去北京上访，被温泉公安分局副局长宋瑞生等人非法劫回后，被非法关押在双鹤拘留所15天，勒索300元（所谓伙食费）后转至原温泉韵泉宾馆非法软禁，每天50元的伙食费（强制法轮功学员自付），大约1000多元，月余后又借机非法关押到猫耳山看守所，1999年12月被非法劳教，送沙洋劳教所迫害，同时温泉公安分局度志祥等人向方锦莲的丈夫勒索1000元。
2001年4月中旬，方锦莲在咸安区街上走路，被咸安区公安局绑架到猫耳山看守所，被迫害得“脱水”后，看守所通知温泉分局放人，温泉公安分局勒索2000元才放人。
2002年4月，方锦莲和她妈妈、姐姐等人到沙洋看望因坚持信仰法轮大法被非法判刑的哥哥方隆超，被沙洋恶警绑架到当地拘留所，由于她不配合迫害，绝食抗议，五天后沙洋警方怕承担责任，通知温泉公安分局，温泉分局副局长宋瑞生派人到沙洋去接方锦莲，向方的丈夫勒索600元（所谓车费），同时向方的丈夫保证：接回后就直接回家，不再关押，结果回家不到五分钟，就被三号桥派出所时任所长张培为首的六、七个警察象流氓一样将已经绝食一周、被沙洋警方迫害得身体非常虚弱的方锦莲强行绑架至猫耳山看守所继续迫害，（此行是授公安分局宋瑞生等人的指使）。
2002年8月6日，方锦莲在三号桥一家早点店门前正准备跟10岁的儿子买早点时，突然被三号桥派出所一群警察（约七、八个）团团围住，非法强行把方锦莲绑架到湖北省狮子山戒毒劳教所迫害。在那劳教所黑窝，方锦莲遭受了种种精神和肉体上的折磨，曾经被那里的恶警最多时派9个犹大一起围攻，还不放弃信仰，恶警就把她关到一间房子里，关上房门窗户，派3、4个吸毒头子对她打骂、恐吓，吸毒头子对方锦莲说：打死你白打死，我们没有罪，这里有死亡指标。在那里，方锦莲被强迫做奴工，每天奴役劳动16小时以上，稍不如意就遭吸毒犯罚贴墙站立、打骂。当年快七十岁的母亲一个人从咸宁好不容易找到关押方锦莲的狮子山戒毒劳教所，可是那里的恶警不让她们见面，连去两次都是如此，不准见面。方锦莲在劳教所受尽精神上的种种摧残和肉体上的折磨，于2003年3月放回。
2009年11月24日上午大约8点多钟时，温泉分局的金国新、程乐斌伙同市局的邓高等人在方锦莲住的地方大门口蹲坑，乘方锦莲出门时，此三位彪形大汉把一弱女子方锦莲绑架到车上，抢走手包里的所有物品，并抢走方锦莲的钥匙 ，在方锦莲的家里没有任何人的情况下直接非法抄她的家，抄走大法书籍和大法资料、儿子读书用的电脑、四个存折和现金。其中一个存折是她丈夫的工资卡（后来在方的要求下，电脑、四个存折和现金已归还）。当天中午由市局的邓高、分局的金国新、左水生把方锦莲非法押送到湖北省法制学习班强制洗脑迫害。
在所谓的“学习班”里，方锦莲抵制他们的无理要求，并喊“法轮大法好”，被几个警察围打，其中有一个是领导叫龚健的警官，他们把方锦莲的嘴打出血、牙齿打坏，嘴肿的老高，并变青紫。还有一个邪悟的人（所谓帮教）有一次把方的棉袄脱下捂住方锦莲的鼻子和嘴。如果不听他们的使唤，他们就有时强制方锦莲站军姿，站很长时间都不让坐；有时拿几个电棒出来吓唬，每天都要求写批判自己或者是批判法轮功和李洪志师父的文章（即所谓的做作业）。方锦莲受尽了折磨和恐吓，历经大约56天时间，方锦莲原来因炼法轮功炼好了的心脏病又复发了，并出现其它病。期间方锦莲的家人、亲戚一再到分局要人，分局的金国新答应方的亲人从洗脑班迫害出来就直接回家，可是市局的邓高和分局的金国新那天把她弄回后并没有直接送回家，而是把方锦莲软禁到咸安区的一个宾馆，又非法关了三天，并派人去审问她。这三天的非法关押听说是市局的邹誉和邓高等人的指令，在被非法软禁的地方，市局的邹誉、邓高、胡某和分局的刘颖曾去非法审问她。
直1999年7.20以来，中共恶党人员勒索方锦莲累计现金4600多元，宋瑞生、度志祥、程乐斌等人三次非法闯入抄家，抄走大法书籍、李老师法像、讲法录音、炼功服、炼功坐垫、炼功磁带等私人物品，没有收据。恶人多次迫害方锦莲，给其家庭、丈夫、亲人、小孩带来极大的痛苦与伤害。
善恶有报是天理。奉劝那些还在参与迫害大法和大法弟子的人早日停止迫害，一定要给自己留一条后路啊。