不断骚扰和恐吓
1999年4月25日之后，海星办事处和海星村委就开始对她進行骚扰和恐吓，海星办事处的中共书记威胁她不许炼法轮功，如果你再炼就吊销你的营业执照。并派以芦丙天为首的恶警对她家诊所和本人進行监视和跟踪，杨丽君几乎处于被软禁状态。
1999年7月22日上午10点多，以鲅鱼圈区公安局范局长、刑警张大队长、国保大队长秦世龙为首的20多人闯進了杨丽君的诊所。海星边防哨所的书记问杨丽君的姓名和是否炼法轮功，然后就非法抄家并录像，翻得犄角旮旯都不放过。抄走3本大法书籍后，将杨丽君绑架到鲅鱼圈区刑警大队4楼。杨丽君对警察讲自己以前身体不好，吃什么药也不好使，自己是医生却治不了自己的病，后来炼了法轮功病才好了。她修炼大法后身心健康，家庭和睦。这几个警察他们一听，说法轮功这不是挺好的嘛。晚上杨丽君被迫坐在老虎凳子上过夜。
第二天早上3点多，警察押着杨丽君去大连又绑架了法轮功学员黄桂欣。杨丽君和黄桂欣当晚被关押在鲅鱼圈区拘留所（三所），非法关押15天后被释放，黄桂欣被非法劳教关押到马三家教养院。
回家后，患者去看她时说：共产党现在怎么开始抓好人了呢？之后恶警特务就开始对杨丽君家24小时监控并上门骚扰，杨丽君无奈只好将诊所搬走。搬到新地址不久，新区派出所（现名鲅鱼圈区海星分局）的警察华宁和冯世举、彩霞社区贾书记多次找上门来逼迫她写与法轮功师父决裂书，被杨丽君拒绝。从此以后他们就天天去诊所骚扰，并蹲坑监视，导致患者越来越少，杨丽君的家人被惊吓得寝食难安。
2000年8月的一天下午，片警华宁到杨丽君住宅叫她马上去新区派出所。当天被劫持的还有法轮功学员刘丹、陈文多、宋亚文、杨媛媛。警察说原因：是怕管辖区域里的法轮功学员依法去北京上访。从绑架到第二天下午将杨丽君被放回时，警察都没给他们水饭。
法轮功被中共邪党迫害后，杨丽君出差或去看有病的亲属恶警都干涉，还把杨丽君的丈夫叫到派出所，逼迫找到杨丽君的下落。新区派出所恶警华宁还半夜打电话到杨丽君的亲属家骚扰，新区派出所所长叫杨丽君立即回来，原因就是因为你炼了法轮功就控制你的一切自由。
2001年1月6日，杨丽君被叫到鲅鱼圈彩霞社区。海星办事处许才民，疯狂的谩骂大法师父并恶口训斥杨丽君，一个多小时候后才叫她回家。当时在场人有：恶警华宁、冯世举、彩霞社区贾书记、刘主任、一个邪恶的妇联的主任等。许才民后来因贪污被判刑入狱。
非法关押、强制洗脑
2002年7月鲅鱼圈海星村的治保主任孔祥友、代方龙连续5天去杨丽君诊所，逼迫她写与大法师父的决裂书被拒绝后，当天晚上11多杨丽君和李翠红被恶警华宁等6、7个便衣在鲅鱼圈29中学门前绑架到新区派出所（现海星分局），并到住宅和诊所抄家。夜里杨丽君被逼戴手铐，徐海勇所长对杨丽君骂脏话。第二天杨丽君和李翠红被劫持到国保大队，后被关押到鲅鱼圈区拘留所。国保大队王洪魁和张鲁非法提审杨丽君2次，非法关押一个月后，家属被勒索5千元人民币（没给任何手续）放回。
2003年11月25日上午7点多，鲅鱼圈区海星办事处宋书记带领一群人到杨丽君的诊所，邪恶的宋书记将杨丽君的行医执照撕毁，并指挥几个恶徒强行将没穿外衣的杨丽君绑架到营口市关爱学校办的23期洗脑班。杨丽君的里绒衣的衣领、袖子被这几个恶徒扯坏，后背被推搡青了一大片。一同被绑架的还有李翠红、姚强等20多名大法弟子。
为了逼迫大法弟子放弃信仰，营口洗脑班每天放着侮辱诋毁大法的录音和录像，各地犹大、臭名昭著的王守印、和组织洗脑班的蔡夫、营口各地区派出所、政法委、610（迫害法轮功的违法组织，凌驾于法律之上）都参与洗脑和迫害。有的大法弟子绝食反迫害，有的给参与迫害的人讲法轮功真相。外面知道此事的大法弟子给洗脑班参与迫害的人写信、打电话、邮寄真相小册子讲真相，参与洗脑的大部份人明白了真相，杨丽君17天后都被无罪释放回家。从此以后营口市洗脑班彻底解体。
2008年奥运会前的一天，边防哨所一个警察和海星村治保主任梁峰到诊所要强行给杨丽君拍照遭拒绝后，强行拿走一张杨丽君的照片。并每天派人监视杨丽君的行踪，手机和座机电话被监听。
2009年9月23日晚上10点多，鲅鱼圈国保大队10几个恶警到杨丽君的诊所，抢走3张大法师父法像和一张挂历，并将杨丽君强行绑架。国保大队教导员惠怀旗对她非法审问，杨丽君拒绝回答。同时被绑架学员的还有：董冰、毕世军、孙丽、余志红、沈广海、王志远、滕文春还有董冰未修炼法轮功的父亲和弟弟。第二天早上杨丽君等女法轮功学员被带到营口市纺织厂医院强行体检，因体检不合格她被放回家。之后国保大队李元庆等2人去诊所，强迫杨丽君在保外就医单子上签字。
后来检察院曹宁打电话叫杨丽君去一趟，杨丽君被迫离开家。几个月后，鲅鱼圈国保大队逼迫杨丽君的家人找她，并在网上通缉她。她大女儿得不到妈妈的任何消息，急迫中导致怀孕7个多月就早产，经多方抢救才母子平安。杨丽君的二姑爷也被绑架到国保大队，罚款5000元放回。杨丽君回来后罚款钱才被退回，网上通缉被取消。